Sabtu, 15 April 2017

Komputasi Biologi

Pengertian Komputasi

Komputasi adalah sebuah istilah umum untuk segala jenis pemrosesan informasi untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Komputasi merupakan sebuah subjek dari Komputer Sains, yang menganalisa apa yang bisa maupun tidak bisa dilakukan secara komputasi. Hal ini ialah apa yang disebut dengan teori komputasi, suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika

Teori Komputasi

Teori komputasi adalah cabang dari ilmu komputer dan matematika yang membahas apakah dan bagaimanakah suatu masalah dapat dipecahkan pada model komputasi, dengan menggunakan algoritma.

Teori komputasi ini mempunyai dua buah cabang yaitu 
  1. Teori komputabilitas 
  2. Teori Kompleksitas
  • Teori komputabilitas adalah memeriksa batasan-batasan berbagai model teoretis komputer, termasuk model yang dikenal paling berdaya. 
  • Teori kompleksitas adalah pengkajian traktabilitas oleh komputer, beberapa masalah, meski secara teoretis terselesaikan oleh komputer, tetapi cukup mahal menurut konteks waktu dan ruang, tidak dapat dikerjakan secara praktis, bahkan dengan cepatnya kemajuan perangkat keras komputer.

Implementasi Komputasi pada Bidang Biologi

Bioinformatika, berasal dari kata yaitu “bio” dan “informatika” adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.

Sejarah Bioinformatika

Bioinformatika, berasal dari kata yaitu “bio” dan “informatika” adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. 

Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.

Pentingnya Bioinformatika


Bioinformatika digunakan untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama dari Bioinformatika adalah program software (perangkat lunak) dan didukung oleh kesediaan internet.

Perkembangan DNA pada Teknologi


DNA rekombinan memainkan peranan yang penting dalam terciptanya bioinformatika. Pada teknologi DNA rekombinan memberikan suatu pengetahuan baru dalam bidang rekayasa genesika organisme yang disebut dengan bioteknologi. Perkembangan pada bioteknologi dari tradisional ke modern salah satunya ditandai dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA, dan manipulasi DNA.

Contoh Sequencing DNA


Suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudian Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika dan teknologi informasi merupakan dua diantara dari berbagai teknologi penting yang mengalami perkembangan yang signifikan dalam beberapa tahun terakhir ini. Bioteknologi ini berawal dari bidang biologi, sedangkan perkembangan teknologi informasi tak dapat dilepaskan dari matematika. Pada umumnya biologi dan matematika dianggap sebagai database utama dalam bilogi molekuler, yang dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information) di Amerika Serikat. 

9 Cabang dalam Bioinformatika

  1. Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society)
  2. Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biologyadalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. 
  3. Medical informatics adalah sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis. 
  4. Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). 
  5. Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. 
  6. Mathematical biology menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware. 
  7. Proteomics berkaitan dengan studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”. 
  8. Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat. 
  9. Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik atau Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik.


Resources :         
Google image search
http://satriosite.blogspot.com/2015/03/teori-komputasi-dan-implementasi-dalam.html


Please copy the link below to download the word document :
https://drive.google.com/open?id=0B9cPSAVPaINIOHhPQkJWYVU1UU0





Minggu, 19 Maret 2017

Cloud Computing

Cloud Computing terdiri dari 2 kata, yaitu Cloud dan Computing. Cloud jika diartikan ke dalam Bahasa Indonesia memiliki arti awan, sedangkan Computing yang berasal dari kata Compute jika diartikan ke dalam Bahasa Indonesia memiliki arti perhitungan. Jika kedua kata tersebut digabungkan, maka Cloud Computing merupakan komputasi atau perhitungan yang dilakukan di awan. Awan yang dimaksud disini adalah jaringan internet. Komputasi awan adalah gabungan pemanfaatan teknologi komputer dan pengembangan berbasis internet.





Cara Kerja Cloud Computing

Dengan Cloud Computing komputer lokal tidak lagi harus menjalankan pekerjaan komputasi berat untuk menjalankan aplikasi yang dibutuhkan, tidak perlu menginstal sebuah paket perangkat lunak untuk setiap komputer, hanya melakukan instalasi operating system pada satu aplikasi. Jaringan komputer yang membentuk awan menangani mereka sebagai gantinya. Server ini yang akan menjalankan semuanya aplikasi mulai dari e-mail, pengolah kata, sampai program analisis data yang kompleks. Ketika pengguna mengakses awan untuk sebuah website populer, banyak hal yang bisa terjadi. Pengguna Internet Protokol (IP) misalnya dapat digunakan untuk menetapkan dimana pengguna berada (geolocation). Domain Name System (DNS) jasa kemudian dapat mengarahkan pengguna ke sebuah cluster server yang dekat dengan pengguna sehingga situs bisa diakses dengan cepat dan dalam bahasa lokal mereka. Pengguna tidak login ke server, tetapi mereka login ke layanan mereka menggunakan ID sesi atau cookie yang telah didapatkan yang disimpan dalam browser mereka. Apa yang user lihat pada browser biasanya datang dari web server.

Web server menjalankan perangkat lunak dan menyajikan pengguna dengan cara interface yang digunakan untuk mengumpulkan perintah atau instruksi dari pengguna (klik, mengetik, upload dan lain-lain) Perintah-perintah ini kemudian diinterpretasikan oleh web server atau diproses oleh server aplikasi. Informasi kemudian disimpan pada atau diambil dari database server atau file server dan pengguna kemudian disajikan dengan halaman yang telah diperbarui.Data di beberapa server disinkronisasikan di seluruh dunia untuk akses global cepat dan juga untuk mencegah kehilangan data. Web service telah memberikan mekanisme umum untuk pengiriman layanan, hal ini membuat Service-oriented architecture (SOA) ideal untuk diterapkan. Tujuan dari SOA adalah untuk mengatasi persyaratan yang bebas digabungkan, berbasis standar, dan protocol-independent distributed computing. Dalam SOA, sumber daya perangkat lunak yang dikemas sebagai “layanan,” yang terdefinisi dengan baik, modul mandiri yang menyediakan fungsionalitas bisnis standar dan konteks jasa lainnya. Kematangan web service telah memungkinkan penciptaan layanan yang kuat yang dapat diakses berdasarkan permintaan, dengan cara yang seragam.

Cloud System bekerja menggunakan internet sebagai server dalam mengolah data. Sistem ini memungkinkan pengguna untuk login ke internet yang tersambung ke program untuk menjalankan aplikasi yang dibutuhkan tanpa melakukan instalasi. Infrastruktur seperti media penyimpanan data dan juga instruksi/perintah dari pengguna disimpan secara virtual melalui jaringan internet kemudian perintah-perintah tersebut dilanjutkan ke server aplikasi. Setelah perintah diterima di server aplikasi kemudian data diproses dan pada proses final pengguna akan disajikan dengan halaman yang telah diperbaharui sesuai dengan instruksi yang diterima sebelumnya sehingga konsumen dapat merasakan manfaatnya. Contohnya lewat penggunaan email seperti Yahoo ataupun Gmail. Data di beberapa server diintegrasikan secara global tanpa harus men-download software untuk menggunakannya. Pengguna hanya memerlukan koneksi internet dan semua data dikelola langsung oleh Yahoo dan juga Google. Software dan juga memori atas data pengguna tidak berada di komputer tetapi terintegrasi secara langsung melalui Cloud System menggunakan komputer yang terhubung ke internet.



Contoh Cloud Computing

  1. Google Drive, Google Drive adalah layanan penyimpanan online yang dimiliki Google. Google
    Drive diluncurkan pada tanggal 24 April 2012. Sebenarnya Google Drive merupakan pengembangan dari Google Docs. Google Drive memberikan kapasitas penyimpanan sebesar 5GB kepada setiap penggunanya. Kapasitas tersebut dapat ditambahkan dengan melakukan pembayaran atau pembelian
    storage. Penyimpanan file di Google Drive dapat memudahkan pemilik file dapat mengakses file tersebut kapanpun dan dimanapun dengan menggunakan komputer desktop, laptop, komputer tablet ataupun smartphone. File tersebut juga dapat dengan mudah dibagikan dengan orang lain untuk berbagi pakai ataupun melakukan kolaborasi dalam pengeditan. Ada beberapa fitur-fitur Google Drive, yaitu : r
    uang penyimpanan, berbagi file (gambar, video, lagu, dan lain-lain), fasilitas pencarian, media backup, terintegrasi dengan layanan Google.
  2. iCloud, merupakan layanan komputasi awan terbaru yang dipublikasikan oleh Apple Inc. dalam acara Apple Worldwide Developers Conference (WWDC) yang diadakan tanggal 6 Juni 2011 di San Fransisco. iCloud memungkinkan para penggunanya untuk mensinkronisasi data seperti foto, musik, dan dokumen ke dalam iPhone, iPad, iPod Touch, Mac dan komputer secara
    otomatis pada waktu yang bersamaan. Sehingga pengguna dapat mengaksesnya di mana saja dan kapan saja tanpa perlu mem-
    back up data secara manual. Ada beberapa fitur-fitur iCloud, yaitu : r
    uang penyimpanan, media backup, editing file, berbagi file (gambar, video, lagu, dan lain-lain), terintegrasi dengan layanan Apple, Find My iPhone.
  3. Dropbox, adalah layanan penyedia data berbasis web yang dioperasikan oleh Dropbox, Inc. Dropbox menggunakan sistem penyimpanan berjaringan yang memungkinkan pengguna untuk menyimpan dan berbagi data serta berkas dengan pengguna lain di internet menggunakan sinkronisasi data. Dropbox didirikan pada tahun 2007 oleh lulusan Massachusetts Institute of Technology (MIT) Drew Houston dan Arash Ferdowsi dengan modal awal yang didapat dari Y Combinator. Dropbox menyediakan layanan baik gratis ataupun berbayar, masing-masing dengan keuntungan yang bervariasi. Pada tahun 2011 Dropbox juga meluncurkan “Dropbox for Teams”, sebuah layanan dari Dropbox yang dikhususkan untuk kelompok bisnis atau kelompok lainnya yang membutuhkan layanan untuk mengendalikan administrasi, tagihan yang terpusat, dan lain sebagainya. “Dropbox for Teams” tetap tersedia di situs web, namun harga yang ditawarkan berbeda dengan layanan Dropbox lainnya. Ada beberapa fitur-fitur Dropbox, yaitu : ruang penyimpanan, sinkronisasi semua jenis file, berbagi file (gambar, video, lagu, dan lain-lain), media backup, sebagai file hosting untuk website atau blog
  4. OneDrive, nama resminya Microsoft OneDrive, sebelumnya SkyDrive, Windows Live SkyDrive, dan Windows Live Folders adalah layanan komputasi awan serupa dengan Dropbox dan Google Drive yang memungkinkan penggunanya mengunggah dan mensinkronkan berkas ke suatu penyimpanan awan dan kemudian mengaksesnya melalui peramban web atau perangkat tertentu. Layanan ini dibuat oleh Microsoft dan merupakan bagian dari layanan daring Windows Live dan memungkinkan pengguna menyimpan berkas-berkasnya secara pribadi, membagikannya dengan orang-orang dalam kontak, atau menjadikan berkas-berkas bersifat umum. Berkas-berkas yang dibagikan untuk umum tidak memerlukan akun Microsoft untuk mengaksesnya.Setelah gugatan dari televisi penyiar Inggris BSkyB atas penggunaan kata “Sky”, Microsoft setuju pada Juli 2013 untuk mengubah nama layanan SkyDrive dalam “jangka waktu yang wajar”. Microsoft mengumumkan pada 27 Januari 2014 bahwa SkyDrive akan diganti namanya menjadi OneDrive. Ada beberapa fitur-fitur OneDrive, yaitu : ruang penyimpana, berbagi file (gambar, video, lagu, dan lain-lain), media backup, terintegrasi dengan layanan Microsoft.

Komputasi Biologi

Pengertian Komputasi Komputasi adalah sebuah istilah umum untuk segala jenis pemrosesan informasi untuk menemukan pemecahan masalah dari...